住院治疗分四个阶段。
第一期：绝对卧床期。此间，要完全将患者隔离、禁止会面、谈话、读书、吸烟及其他一切解闷的活动，如唱歌，吹吹口哨等，除饮食排便外，命令患者几乎要绝对静卧，其目的是：（1）体验烦闷即解脱的心境，由于强制性静卧，禁止一切解闷的活动，患者感到非常苦闷，非常烦恼，医生一天一次查房，观看患者的情绪变化。当患者谈说苦闷时，就告诉患者，对情绪变化要"听其自然"，焦虑就让它焦虑，烦恼就让它烦恼，让它自然存在下去，静静的忍耐，原则上对患者采取不问的态度，其苦闷越加剧，，反倒越能实现治疗目的。当患者的苦闷达到极点时，正像冲锋战士突击时"最后五分钟"那样，在极为短暂的时间内，苦恼迅速消失得无影无踪，就好像剧烈的疼痛突然消退，精神立即感到爽快起来。森田把这种心境命名为"烦闷及解脱"，并把这一段时间称为烦闷期，此期的目的是让患者接受痛苦，养成对焦虑烦恼彻底接受的态度。森田说这与一般的面谈完全相反，让患者真正体验痛苦接受痛苦，能供其精神更上一层楼，达到"顿悟"的状态。 （2）激化患者的活动欲，患者在体验到"烦闷即解脱"的心境后，已脱离以往那种消极的痛苦，开始感受到无聊，出现了想参些积极性活动的愿望，森田把这一期称为"无聊期"，在患者充分体验到这种没有活动的苦恼之后，让他起床活动，进入第二治疗期，这一期一般需要4-7天。
第二期又称轻工作期，继续隔离疗法，禁止谈话，游戏等。卧床时间限制在7-8小时，吃完饭到户外接触阳光和空气，可以做些轻体力活。每天晚饭后，都要求他们写日记。通过日记了解患者身体和精神状态的变化，并给予写日记指导，这一时期仍不能进行娱乐活动。对待身体的不快感及强烈观念等均采取"听其自然"的态度。此期为3-7天。
第三期，重工作期。参加较重的体务劳动如锯木砍柴，田间劳动等。目的在于培养对工作的持久忍耐力，获得总结，体会劳动神圣的意义是一种促进"顿悟"的做法，此期7天。
第四期，复杂的生活实践期：开始进行适应外界生活变化的训练，为回到实际生活中做准备，这一时期允许外出，以纯朴自然的心去做工作，避免过分讲究行动的价值，避免追求完美主义的工作态度。 住院期间，要求病人写日记，记述自己的病情变化和治疗体会，医生进行日记指导，旨在引导病人清除以前对病情的臆断和误解，从心理上放弃对病情的错误抗拒，体会到"顺其自然"。
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